可可樹種在中南美洲，由當地莊園栽種、采收可可豆莢，每個豆莢約有20—60顆可可豆，取出可可豆再經發酵（5—7天）、干燥（5—7天）后，依可可豆品種、大小做分級分裝。

可可豆發酵過程會產生酒精及二氧化碳，酒精還會變成醋酸，種子內蛋白質成分被分解成氨基酸，發芽能力喪失，單寧物質凝固，苦澀味降低。外觀上種子顏色發生變化，生成可可豆特有的紅褐色色素，豆仁會收縮與種皮剝離。高品質巧克力聞起來有自然的清香，而酸味正是影響巧克力香氣關鍵。